สมาคมนักวิ่งเพื่อสุขภาพห่งประเทศไทย ได้ก่อกำเนิดขึ้นมาเป็นครั้งแรก ตั้งแต่ปี พ.ศ. 2531 โดยมีวัตถุประสงค์เพื่อส่งเสริมให้ประชาชนคนไทยหันมาออกกำลังกายด้วยการวิ่งเพื่อสุขภาพ โดยได้รับแรงบันดาลใจจากพระราชปณิธานของพระบาทสมเด็จพระปรมินทรมหาภูมิพลอดุลยเดชฯ รัชกาลที่ 9 ที่ได้ทรงมีพระราชดำรัสไว้แก่ประชาชนคนไทยว่า “ร่างกายของคนเรานั้น”
ผู้ร่วมก่อตั้งสมาคมฯ ได้มีมติเลือก พล.ต.อ.ชุมพล โลหะชาละ ขึ้นมาเป็นนายกสมาคมฯ ท่านแรกเป็นผู้บริหาร โดยได้พยายามส่งเสริมการวิ่งเพื่อสุขภาพให้เป็นที่นิยมแพร่หลายในหมู่คนไทยในขณะเดียวกัน สมาคมฯ มีมติที่จะได้จัดการแข่งขัน “กรุงเทพมาราธอน” ขึ้นเป็นครั้งแรก เพื่อให้เป็นงานมหกรรมวิ่งมาราธอนประจำปีของเมืองหลวงแห่งประเทศไทย ดังเช่นเมืองศิวิไลใหญ่ๆ ทั่วโลหที่มีการแข่งขันมาราธอน โดยนำชื่อเมืองหลวงหรือเมืองชั้นนำต่างๆ ของประเทศมาเป็นชื่อนำ เช่น New York Marathon , Boston Marathon , Chicago Marathon , Berlin Marathon , London Marathon , Tokyo Marathon , Osaka Marathon เป็นต้น
การแข่งขัน “กรุงเทพมาราธอน” จึงได้ถือกำเนิดขึ้นมาเป็นครั้งแรกในปี พ.ศ. 2531 (ค.ศ. 1988) โดยมีจำนวนนักวิ่งเข้าร่วมงานในครั้งนั้นจำนวน 17,000 คนเศษเท่านั้น เมื่อเปรียบเทียบกับจำนวนนักวิ่งที่เข้าร่วมการแข่งขันในปัจจุบัน ซึ่งมีมาจากทุกภูมิภาคทั่วโลกมากกว่า 60 ชาติ จำนวนมากกว่า 40,000 คน ดดยมีวัตถุประสงค์ของการจัดฯ ตั้งแต่ครั้งแรกจนมาถึงปัจจุบัน ดังนี้
ในการจัดการแข่งขันกรุงเทพมาราะอนทุกครั้ง สมาคมนักวิ่งเพื่อสุขภาพแห่งประเทศไทย จะได้รับความร่วมมือเป็นอย่างดีจากทุกภาคส่วนโดยเฉพาะอย่างยิ่ง กรุงเทพมหานคร ซึ่งถือว่าเป็นผู้บริหารเมืองหลวงของประเทศไทย ที่ถูกนำชื่อมาใช้เป็นการแข่งขันที่เรียกว่า “กรุงเทพมาราธอน” กระทรวงการท่องเที่ยวและกีฬา การกีฬาแห่งประเทศไทย กองทัพบก กองทัพเรือ กองทัพอากาศและสำนักงานตำรวจแห่งชาติ หน่วยงานภาครัฐและเอกชนหลาย ๆ องค์กรด้วยกันที่เล็งเห็นว่ากิจกรรมการส่งเสริมการวิ่งเพื่อสุขภาพนี้จะมีส่วนสนับสนุนให้คนไทย มีความเจริญก้าวหน้าขึ้นไปเรื่อย ๆ ทัดเทียมกับประเทศที่พัฒนาแล้วอื่น ๆ ทั่วโลก
